手動処理とは、本来は自動化・機械化される工程を人の手で行うこと。システムやプログラムに対する対概念で、データ入力やデータベース更新など定型的で反復的な作業が対象。技術的・事務的な文脈で使用される。
手作業とは、人間の技術や感覚を活かして手で行う作業全般。ものづくりや修理、創作活動など、技術や経験が必要な作業を含む。日常会話でもより一般的に使われ、対象は広範囲。
使う場面：手動処理は業務・システム文脈（自動化できない部分を人力で補う）、手作業は製造・工芸・日常作業など広範。ニュアンス：手動処理は機械的・効率性中心、手作業は技術・工夫・手間を伴う印象。対象：手動処理はデータ処理など無形作業、手作業は有形物の製作や工芸が典型的。
業務・システム文脈で自動化の対概念として使うなら「手動処理」。技術や工夫、ものづくりの文脈なら「手作業」。日常会話では「手作業」がより自然。文書では対象や文脈から適切に選択する。