人間の手を使って行う作業全般を指す。機械や自動化の対概念で、手工芸、手書き、手によるものづくりなど、幅広い場面で使用される。創造性や職人技が含まれることもある。
マニュアル（手順書）に従って行う作業を指す。自動化されていない作業で、定められた手順を人間が実行する。工場作業やシステム操作など、標準化された作業プロセスが対象。
手作業は作業方法の選択肢が広く、創造的な要素を含む場合もある。マニュアル作業は手順書に基づく統一性・再現性が強調される。使用場面では、手作業は工芸や日常的な行為全般、マニュアル作業は業務的で標準化が必要な場面で用いられる。対象も異なり、手作業は多岐にわたるが、マニュアル作業は特定のプロセスに限定される傾向がある。
創造性や職人技を強調したい場合は「手作業」、手順書に基づく統一性や正確さを強調したい場合は「マニュアル作業」を選ぶ。業務文脈では「マニュアル作業」、日常会話では「手作業」がより自然。