「封鎖」は、ある場所や区域を完全に閉ざし、外部との連絡を遮る行為を指します。港や空港の全面閉鎖、感染症による地域の隔離、戦時中の城塞防御など、完全に隔離・遮蔽する強い行動を示します。より厳格で全面的なニュアンスです。
「遮断」は、通路や流れ、信号などを途中で止める、あるいは進行や到達を妨げることを指します。道路遮断、電気の遮断、情報遮断など、流れを切断・中断させる行為全般を表します。より広い範囲で使える中立的な表現です。
使う場面として、「封鎖」は港湾封鎖や地域封鎖など完全隔離が目的で、「遮断」は道路遮断や通信遮断など部分的な流れ停止が対象です。ニュアンスでは「封鎖」が強制的・厳格で、「遮断」が機能的・中立的です。対象も「封鎖」は区域・場所、「遮断」は経路・流れ・接続と異なります。
完全に隔離・独立させるなら「封鎖」、流れや通行を止めるなら「遮断」を選びます。区域全体を対象にしたら「封鎖」、経路や機能を対象にしたら「遮断」を使うと判断しやすいです。