「完全版」は、元々の作品が不完全だった、または削減されていた状態から、追加・修正・復元した版を意味します。映画の未公開シーン追加版、書籍の加筆修正版など、改善・補完の過程を含むニュアンスがあります。
「完全作品」は、初めから隙のない完成度の高い作品そのものを指します。未完成や不備がなく、作者の意図が完全に表現された作品という意味で、完成度や質を強調する表現です。
「完全版」は改善前後の比較が前提で、不完全→完全への変化プロセスを含みます。対象は特定版の改訂版。一方「完全作品」は状態の変化を想定せず、その作品自体の完成度や質を評価する言い方です。「完全版」は手直しされた版、「完全作品」は最初から完璧という印象の違いがあります。
改訂・追加・修正など補完のプロセスがあれば「完全版」。作品そのものの完成度や質を評価する場合は「完全作品」を選びます。前者は相対的比較、後者は絶対的評価という使い分けが目安です。