安全航行は主に船舶が海上で安全に航海することを意味します。航路設定、気象確認、他船との衝突回避など、船長や航海士が講じるべき措置や状態を指し、海事用語として使われることが多いです。
安全運航は航空機や船舶、車両などあらゆる乗り物が安全に運用されることを意味します。より広い対象を包括する用語で、機関の整備、乗務員の訓練、運行管理全体を含む包括的な安全を指します。
安全航行は船舶限定で航海行為そのものの安全性に焦点を当てます。一方、安全運航は航空・海運・陸運など対象が広く、運用全体のシステムを含みます。公式な安全管理体制では安全運航が使われ、航海時の具体的な操船では安全航行が適切です。
船舶の航海行為を指すなら安全航行、航空機や運行管理体制全体を指すなら安全運航を使います。公式文書や規程では安全運航がより一般的です。文脈で使い分けましょう。