孤立は、社会や集団から自発的または結果的に取り残され、つながりが失われた状態を指します。人間関係の喪失や心理的な孤独感を伴うことが多く、ネガティブなニュアンスが強いです。原因は多様で、本人の行動や性格、周囲の事情など複合的です。
隔離は、人為的・物理的に他から分けられ、接触や交流を遮断された状態を指します。医学的な感染防止や法的な制限など、外部からの強制的な措置として使われることが多いです。客観的で中立的なニュアンスです。
使う場面では、孤立は人間関係や社会との関わりの喪失に、隔離は物理的・医学的な分離に用います。ニュアンスは孤立が消極的で痛切であるのに対し、隔離は必要な措置として淡々としています。対象は孤立が人の心情状態を、隔離が空間や接触の遮断を指す点が異なります。
心理的な状態や関係の喪失なら「孤立」、物理的・医学的な強制的分離なら「隔離」を選びます。対象が人の内的状態か外的措置かで判断すると明確です。