存滅は「存在する」と「滅びる」という相反する二つの状態を対比させる概念です。あるものが存在するか消滅するか、という根本的な有無を問題にします。より哲学的・絶対的な意味合いを持ち、物事の生死や永遠性に関わる表現として使われることが多いです。
興衰は「興る（栄える）」と「衰える」という両極の状態とその過程を表します。ピークからの低下、または低迷から回復へといった段階的な変動を描写します。歴史的な浮沈や運命の流れなど、動的な変化プロセスを強調する傾向があります。
存滅は存在の有無という絶対的二項対立を扱い、より形而上学的です。一方、興衰は栄枯盛衰の相対的な変化を表し、より歴史的・具体的です。存滅は普遍性や永遠性に関わる話題に、興衰は王朝・企業・文化など具体的な対象の盛衰に適しています。使う場面では、存滅は重厚・抽象的、興衰は叙述的・動的という違いがあります。
存在そのものの終焉や永遠性を問う場面では「存滅」、時間とともに変動する栄衰の過程を描く場面では「興衰」を選びます。より抽象的・重い内容なら存滅、具体的な歴史や事象なら興衰が適切です。