堀（ほり）は、城郭や防塁の周囲に掘られた深く大きな水路のことです。主に防衛目的で、敵の侵入を防ぐために設置されます。歴史的には日本の城に多く見られ、時には水を満たし、時には空堀として機能しました。規模が大きく、構造的な重要性を持つ特徴があります。
溝（みぞ）は、土地に掘られた細長い溝状の掘り込みです。水はけ、排水、境界線の設定、または農業用途など、実用的な目的で使われます。一般的には堀より小規模で、日常的な場面で頻繁に登場します。道路脇の排水溝や田畑の用水溝が典型例です。
堀は歴史的・防御的背景を持つ大規模構造で、特に城郭に関連します。溝は現代的で実用的な小規模な掘り込みです。対象の規模で大きく異なり、堀は幅広く深く、溝は狭く浅いのが一般的。使う場面では、堀は歴史的文脈や防衛・装飾性を、溝は日常的な水処理や農業・工事関連で用いられます。
歴史的・防衛的な文脈なら堀、現代的・実用的な文脈なら溝を選びます。規模の大きさや城などとの関連性も判断基準になります。文語的表現では堀、日常会話では溝がより自然です。