「初期段階」は、何らかの過程や発展の比較的早い時期を意味します。期間的な広がりを持ち、その段階が続く期間を指すことが多いです。プロジェクト、病気の進行、技術発展など、時間軸のある現象に用いられます。より広い時間幅を含む概念です。
「初段階」は、複数の段階に分けられるプロセスにおいて、最初の段階を指します。段階的な区分が明確であり、次の段階へ移行することが前提されています。学習段階、競技の段階、計画の進行段階など、明確に区切られた段階を表します。
「初期段階」は時間経過に基づく早期を指し、期間に重点があります。一方「初段階」は段階的な区分に重点があり、複数段階の最初を明示します。使う場面として、初期段階は連続的なプロセス（進化・悪化など）に、初段階は段階的な区分（レベル・フェーズなど）に適しています。ニュアンスでは、初期段階はより柔軟で、初段階はより構造的です。
時間的な早期や発展途上を表すなら「初期段階」、明確に区切られた複数段階の最初を指すなら「初段階」を選びます。段階分けが明示的かどうかで判断するのが有効です。