公営住宅は、国・都道府県・市町村などの公的機関が管理・供給する低額賃貸住宅です。低所得者層の生活安定を目的とし、民間より割安な家賃で提供されます。都道府県営と市町村営に分かれます。
市営住宅は、市町村が直接管理・運営する公営住宅です。公営住宅の一種で、同じく低所得者向けの安価な賃貸住宅です。市や区などの自治体が責任を持って管理運営します。
公営住宅は管理主体が複数（国・都道府県・市町村）で、広い概念です。市営住宅は市町村が管理する具体的な実施形態です。使う場面では、制度全体を指すなら公営住宅、特定の市町村の物件を指すなら市営住宅が適切です。対象地域も、公営住宅は全国規模、市営住宅は市町村単位です。
制度や概念全体の話なら「公営住宅」、特定の市町村の物件や制度を指すなら「市営住宅」を使います。公営住宅は公営住宅法に基づく法的概念、市営住宅は各市町村の条例に基づく実施形態です。