個別とは、全体をいくつかに分けて、その一つ一つを扱うことを意味します。対比関係がある場合に使われ、「全体との関係」を意識した用法です。制度や対応、指導などで「個別対応」「個別指導」のように、一般的・統一的な扱いとは別に、特定の対象に限定した対応を示します。
個々とは、それぞれ独立した一つ一つのもの、バラバラな個別のものを指します。「個々の事情」「個々の意見」など、複数の対象それぞれの固有性や異なる側面を強調する場合に使われます。全体を構成する要素として、各要素の独自性や多様性を表現します。
使う場面：個別は全体との対比で特定部分への対応を示し、個々は複数の要素それぞれの多様性や固有性を示します。ニュアンス：個別は分割・区分、個々は個別性の強調です。対象：個別は制度や対応など仕組みに関連し、個々は人の意見や事情など属性に関連します。個別は単数的、個々は複数的な印象があります。
「全体に対する特別な対応」「制度・仕組みの話」なら個別。「複数のもの各々」「意見・事情などの多様性」なら個々を選びます。個別は対比関係が前提で、個々は複数性の強調が特徴です。