体系とは、多くの関連する要素が統一的な原理に基づいて組織されている状態を指します。知識や理論などの抽象的な概念に用いられることが多く、要素の関連性と全体的な秩序性が強調されます。人間が構築した整然とした理論や学問分野などに適用されます。
構造とは、部分や要素がどのように配置・組合されているかというパターンや枠組みです。物理的な物体から社会組織まで、具体的・抽象的なものの相互関係の形態を指します。より中立的で、客観的な配置関係を表現することが多いです。
使用場面で言えば、体系は理論や学問など人為的に構築された秩序を表し、構造は自然現象や社会現象など既存の配置関係を客観的に分析する場面で使われます。ニュアンスでは、体系は統一性や首尾一貫性が強調され、構造はより中立的・分析的です。対象では、体系は人間の思考体系や法律体系などの「体系性」を要求する領域で、構造は社会構造や組織構造など「要素間の関係」を示す領域で用いられます。
統一的な理論や秩序立った知識体を示す場合は「体系」を、要素の配置関係やパターンを客観的に述べる場合は「構造」を選びます。「理論体系」「思想体系」は体系、「社会構造」「組織構造」は構造が自然です。