休止とは、活動や機能を一時的に停止させ、後で再開することを前提とした状態です。計画的かつ予定されているケースが多く、終わりの時期が決まっていたり、再開の見通しがあったりします。比較的長期間にわたって行われることが多いです。
中断とは、進行中のプロセスや活動を途中で止めることです。既に始まっているものが何らかの理由で途中で止まる状況を指し、予定外や予定通りかを問わず使用できます。再開の見通しが不確実な場合も多く、より突発的なニュアンスを持ちます。
使う場面では、休止は事前に計画された停止（サービス休止、営業休止など）に用いられ、中断は予期しない途中での停止（工事中断、交渉中断など）に用いられます。ニュアンスとして、休止は秩序的・計画的、中断は強制的・急的です。対象は休止が施設・サービス・企画など、中断が動作・進行中の作業に用いられることが多いです。
計画的で終わりの見通しがある場合は「休止」、進行中に何らかの理由で止まった場合は「中断」を選びます。再開の確実性が高いか低いかでも判断でき、見通しがあれば休止、不確実なら中断が適切です。