休止期は、機能や活動が一時的に停止している状態を指します。比較的短期間で再開される可能性を含み、やや中立的な表現です。生物学では毛髪の成長が止まった段階、ビジネスでは事業を一時中断している状況などに使われます。
休眠期は、生命活動が低下した深い静止状態を指します。冬眠や種子の発芽前など、自然界の周期的な現象に使われることが多いです。エネルギー消費が極めて少なく、回復に時間を要するニュアンスを含みます。
使う場面：休止期は人為的な一時中断、休眠期は自然な周期的休止に使われます。ニュアンス：休止期は「停止」中心、休眠期は「生命活動の低下」を強調します。対象：休止期は毛髪・事業など幅広く、休眠期は植物・動物の生物学的状態に限定的です。
自然現象や生物の周期的な静止状態なら「休眠期」、人為的な一時中断や医学用語なら「休止期」を選びます。文脈で「一時的」なら休止期、「自然で深い」なら休眠期が適切です。