中学野球とは、中学生年代で行われる野球活動の総称です。学校の部活動、少年野球クラブ、地域チームなど、様々な組織形態での活動を包含します。競技レベルは多様で、初心者から本格志向まで幅広い層が参加します。
部活野球とは、学校の部活動という正式な組織の中で行われる野球を指します。学校教育の一環として位置付けられ、顧問教員による指導が特徴です。大会出場やチーム編成が学校単位で行われます。
中学野球は年代別の野球全般を指すため、部活動以外の少年野球団や地域クラブも含みます。部活野球は学校教育機関内の活動に限定されます。使う場面として、中学野球は広範な文脈で用いられ、部活野球は学校内の活動を明確に指したい場合に用いられます。ニュアンスでは、中学野球はより包括的で、部活野球はより制度的です。
年代別の野球活動全般を述べるなら中学野球、学校の部活動という組織に限定して述べるなら部活野球を使用します。対象範囲の広さで判断してください。