不一致は二つ以上のもの、事柄、データなどが一致しない状態を表す中立的な用語。単に合わないという客観的事実を述べるもので、そこに対立や葛藤のニュアンスはあまり含まれない。事実的なズレを指摘する際に使われる。
齟齬は本来、歯車の歯が合わないという意味の字。転じて、意見や利害がぶつかる、またはすれ違うことで生じる不和や問題を指す。単なるズレではなく、衝突や対立のニュアンスを含む。人間関係や組織内の摩擦に用いられることが多い。
不一致は客観的な数値やデータの非一致を述べるのに適し、ニュアンスは中立的である。齟齬は主観的な意見や利害の衝突を扱い、対立・葛藤・トラブルという否定的なニュアンスが強い。不一致は単なる事実記述、齟齬は関係性の問題を表現する点で異なる。
データや事実のズレなら「不一致」。人間関係や意見の対立なら「齟齬」を選ぶ。齟齬は問題性が含まれるため、より深刻な状況に向く。中立的に述べたい場合は不一致が無難。