メインシステムは「主要な」「中心的な」システムを意味する一般的な表現。製造業の生産ラインから組織運営まで、様々な分野で中核となる仕組みを指します。日常会話からビジネス文書まで幅広く使用でき、比較的カジュアルなニュアンスがあります。
基幹システムは企業経営の根幹を支える情報システムを指す専門用語。会計・人事・営業などの経営活動に直結するシステムが対象です。企業のビジネス継続性に重大な影響を与えるため、高い信頼性と堅牢性が求められます。IT・経営分野で使用される技術的な表現です。
メインシステムは様々な分野で使用される広い概念で、物理的な仕組みから情報システムまで対象とします。一方、基幹システムは企業の情報システム限定の用語で、経営活動に直結する重要性を強調します。メインシステムはより一般的・カジュアルで、基幹システムはより専門的・重要性を帯びた表現です。
業務システムや企業経営に関する場面では「基幹システム」を使い、より広い範囲の中心的な仕組みを指す場合は「メインシステム」を使い分けます。IT部門では基幹システムが正式用語です。