デスクトップOSは、デスクトップ型パソコン（据え置き型）専用のオペレーティングシステムです。Windows、macOS、Linuxなどが該当します。高性能で拡張性に優れ、業務や創作活動向けに最適化されています。ノートパソコン向けのOSと区別される場合もあります。
パソコンOSはパーソナルコンピュータ全般で動作するOSの総称です。デスクトップ型・ノートパソコン型を問わず対応します。Windows、macOS、Linuxなど個人用途向けのシステムを広く指し、より広義の概念です。サーバーOSと対比されます。
デスクトップOSは『形状』を基準にした分類で、据え置き型パソコン特化型を強調します。一方パソコンOSは『用途』を基準にした分類で、個人向けコンピュータ全般を対象とします。使い分けとしては、形状を強調したい場面ではデスクトップOS、汎用性や対象デバイスの広さを示したい場面ではパソコンOSを使います。現代では両者の機能差が減少し、ほぼ同義的に扱われることが多くなっています。
学術的な厳密さを求める場合や、形状の違いを強調したい時はデスクトップOSを使用。日常会話や一般的な説明ではパソコンOSで問題ありません。形状を指す必要がなければ、より広く認識されているパソコンOSの使用がお勧めです。