ソフトウェアは、コンピュータを動作させるプログラムの総称です。OSやドライバー、ユーティリティなど、あらゆるプログラムを含みます。システム全体の動作を支える基盤的な役割を果たします。
アプリケーションは、ユーザーが直接操作して特定の目的を実現するソフトウェアです。ワープロ、表計算、画像編集など、具体的なタスク処理に特化しています。ユーザー向けツールの位置付けです。
ソフトウェアはOSやシステムソフトも含む広い範囲の総称で、アプリケーションはユーザーが直接使う実用的なプログラムを指します。ニュアンスとしてソフトウェアはより技術的で広義的、アプリケーションはより実用的で狭義的です。企業では「社内システムソフトウェアの導入」と、一般ユーザーは「このアプリケーションは使いやすい」のように使い分けられます。
プログラム全体を指すときはソフトウェア、ユーザーが直接使うツール・アプリを指すときはアプリケーションを選びます。モバイル向けはアプリケーション、システム全体はソフトウェアという傾向もあります。