ソフトウェアアーキテクチャは、アプリケーションやシステムの内部設計を表します。モジュール・コンポーネント間の関係、データの流れ、設計パターン（MVC、マイクロサービスなど）を定義します。ソフトウェア開発における基本方針であり、保守性や拡張性を左右する重要な構造です。
システム構成は、複数のサーバー、ネットワーク、ストレージなど物理的またはクラウドインスタンスの配置・接続方法を示します。インフラレベルの構成を表し、負荷分散、冗長性、パフォーマンスなど運用面を重視した設計です。
ソフトウェアアーキテクチャは『設計層』を、システム構成は『環境層』を指します。前者はコード・機能の整理に使い、開発チーム向け。後者は物理サーバーやネットワークの配置に使い、インフラチーム向けです。同じシステムでも『アーキテクチャはマイクロサービス、構成は3段階サーバー』といった独立した視点で語られます。
開発・設計の話なら『ソフトウェアアーキテクチャ』、サーバーやインフラの話なら『システム構成』を使い分けます。技術的な内部構造か、物理的な外部環境かで判断してください。