セクションは英語の「section」から来た外来語で、全体を分割した一つの区画や部分を意味します。物理的な空間、文章の章立て、分野など多様な対象に使用できます。範囲や領域的なニュアンスが強く、比較的カジュアルな表現です。
部門は組織や会社内で機能や責任によって分けられた部分を指します。営業部門、企画部門など、明確な職務と人員配置を持つ組織単位です。より正式で、組織的な構造を表す漢語で、階層性が明確です。
セクションは物理的・概念的な区分を広く指し、組織以外にも応用できます。部門は人事や責任が明確に配置された組織単位に限定されます。セクションはより柔軟で一時的な分割、部門は恒常的で制度的な構分です。公式文書では部門、より広い文脈ではセクションを使う傾向があります。
組織図や職務配置を指すなら部門、分野・区画・文章の区分を指すならセクション。公式性が求められれば部門、柔軟性が必要なら。セクション。業界や文脈に応じて使い分けましょう。