ジレンマは、どちらを選んでも問題が生じる相反する二つの選択肢に直面し、決断に迷う心理状態。対立する価値観や利益の間で葛藤し、選択を強いられる困難な状況を指す。比較的新しい外来語。
矛盾は、二つの事柄や主張が相反して、両立しない状態。論理的に反対する内容が同時に存在することを客観的に指摘する。より広く、理屈の上で成り立たないあらゆる状況に使える。
ジレンマは主に決断場面での主観的な葛藤や心理状態に焦点を当て、選択者が感じる困難さを表現する。矛盾は事柄そのものの論理的な不一致を客観的に指摘し、判断や対応の問題を示す。ジレンマは選択の迷いを、矛盾は理屈の破綻をそれぞれ強調する。
心理的な迷いや選択の困難さを強調するならジレンマ。理屈の不一致や論理的な矛盾を指摘するなら矛盾を使う。前者は状態や心情、後者は関係性や内容の指摘に適している。