サービス停止は、ユーザーが利用できるサービスや機能の提供を一時的または永続的に中止することです。メンテナンスやシステム障害、サービス廃止などが原因で、利用者の視点から「使えない状態」になることを示します。
運用停止は、企業やシステムの内部運営そのものを中止することです。サービス提供の中止だけでなく、組織の運営自体を停止する場合に用いられます。より広い範囲の活動停止を意味し、バックオフィス機能も含まれます。
サービス停止は利用者向けのサービス機能に限定し、一時的な対応が多いです。運用停止は事業運営全般の中止を指し、より深刻な状況を表します。サービス停止は特定機能の停止、運用停止は組織全体の活動停止が対象です。メンテナンス告知ではサービス停止、事業撤退ではどちらも使えますが、運用停止は終了の決定性が強いです。
利用者に影響する一時的な停止や機能障害ならサービス停止。企業や施設の事業活動そのものの中止や廃止を指すなら運用停止が適切です。内部的・組織的な停止の方が運用停止に向いています。