グラフQLはFacebook開発のAPI技術。クライアントが必要なデータを指定して取得でき、オーバーフェッチやアンダーフェッチを解決。REST APIの代替として、複雑なデータ構造をグラフ状に管理し、効率的に問い合わせできるのが特徴。
クエリ言語は、データベースやシステムに対して問い合わせ・検索するための言語の総称。SQLやXPathなど複数存在。データの抽出・加工・集計といった操作を命令する手段で、様々なシステムで広く使用されている。
グラフQLは具体的なAPI実装規格で、REST API代替として最新のウェブアプリケーション開発で活用される。対してクエリ言語は概念的な総称であり、SQL（データベース）、XPath（XML）、SPARQL（RDF）など複数の言語を指す。グラフQLはクエリ言語の一種だが、API通信を中心に設計された現代的な技術として位置づけられる。用途や対象システムが異なり、クエリ言語は汎用性が高い。
REST APIの問題を解決したい、複雑なデータ関係を効率的に取得したいならグラフQL。汎用的なデータベース操作、複数システム対応が必要ならクエリ言語（SQL等）を選択。プロジェクトの規模や既存インフラで判断。