エンドポイントはAPI通信において、クライアントがリクエストを送信する具体的なURL・パスを意味します。Web APIの最終的なアクセス先であり、例えば「https://api.example.com/users」といった形式です。データやサービスを取得するための接続地点を指します。
サーバーはソフトウェアやサービスを提供するコンピュータ全体を指します。物理的なマシン、またはクラウド上の仮想マシンのことで、複数のエンドポイントを持つことができます。ユーザーのリクエストに対して応答する責務を持つシステム全体です。
サーバーは「施設全体」で、エンドポイントは「窓口」の関係です。サーバーはAPIやWebサービス全体を指し、エンドポイントはそのサーバー内の特定のURL・機能への接続点を指します。IT技術者向けには「エンドポイント」、経営層や一般的な文脈では「サーバー」を使う傾向があります。
API通信や具体的なURL指定の場面では「エンドポイント」、システム全体やインフラの話題では「サーバー」を使います。より技術的で詳細な説明が必要ならエンドポイント、全体像を説明するならサーバーが適切です。