「きーきー」は高くて耳障りな音を表す擬音語。金属音、笛音、ドアの軋む音など、周波数が高い音や、子どもが高い声で甲高く泣く・叫ぶ様子を表現します。やや不快感を伴う印象を持つことが多いです。
「ギャーギャー」は大きく激しく叫ぶ・泣く様子を表す擬音語。音量が大きく、複数の声が重なっているニュアンスを持ちます。子どもが騒ぐ、群衆の喧噪、驚いたり怖がったりして大声を出す場面で使われます。
「きーきー」は音質（高さ・周波数）に焦点を当て、単一の高い音や一人の甲高い声を表します。一方「ギャーギャー」は音量と激しさに焦点を当て、複数の声や激情的な状態を表します。「きーきー」は機械音にも使えますが、「ギャーギャー」は人間の叫びに限定的です。また「きーきー」は高さの不快感、「ギャーギャー」は激しさや騒々しさを強調します。
高い音・周波数が特徴の場合は「きーきー」、大きさ・激しさ・複数の声が特徴の場合は「ギャーギャー」を選びます。機械音なら「きーきー」、人間の感情的な叫びなら「ギャーギャー」が適切です。