「きーきー」は高くて耳障りな音を表す擬音語です。ドアの軋む音、ネズミの鳴き声、ブレーキ音など、不快感を伴う高い音全般を指します。また、人が不満や苛立ちを高い声で表現する様子も表します。ひらがな表記が一般的です。
「キャーキャー」は人が高い声で叫ぶ様子を表す擬音語です。驚き、恐怖、興奮、喜びなどの感情を激しく表現する場面で使われます。若い女性が悲鳴を上げたり、はしゃいだりする様子に使われることが多く、カタカナ表記が一般的です。
「きーきー」は物が出す不快な高い音か、人が不満を表す声。一方「キャーキャー」は人が感情的に叫ぶ声を指します。前者は客観的な音の描写、後者は感情的な人間の行動です。場面として、きーきーは機械音など無機物が対象、キャーキャーは人間の感情表現が対象になります。
音源が機械や動物なら「きーきー」、人間の感情的な叫び声なら「キャーキャー」を選びます。不快感を強調したければきーきー、感情の激しさを強調したければキャーキャーが適切です。